Гербіциди вибіркової (селективної) дії здатні знищувати або пригнічувати ріст одних рослин у посівах за наявності інших рослин, які під дією гербіцидів нормально ростуть і розвиваються. Препарати селективної дії при правильному доборі норм витрат, способу застосування, фази розвитку культури і бур'янів забезпечують знищення більшості їх видів, звільнюючи посіви від надзвичайно сильних конкурентів за світло, вологу, поживні речовини, життєвий простір.

Види вибірковості
Частина гербіцидів відзначається вузькою вибірковістю. Вибірковість гербіцидів часто зумовлена відмінностями в анатомічній і морфологічній будові рослин. Така вибірковість називається топографічною. Так рослини з щільною кутикулою і восковим нальотом, а також з густим опушенням більш стійкі до гербіцидів, оскільки ці анатомічні особливості запобігають надходженню препарату в рослину. У рослин з вузьким вертикальним листям (цибуля, часник та ін.) відбувається стікання робочої рідини з поверхні листової пластинки, при цьому гербіцид майже не проникає в тканини.
У рослин з глибоким заляганням кореневої системи виявляється стійкість до препаратів, що утримуються у верхньому шарі грунту і не досягають зони діяльності коріння. До таких рослин, зокрема, належать осот польовий, гірчак повзучий, хвощ польовий, березка польова та інші багаторічні бур'яни.
Стійкі до гербіцидів культурні рослини виявляють біохімічну вибірковість внаслідок швидкого руйнування молекули гербіциду до неактивних компонентів. В окремих випадках рослини здатні швидко виділяти гербіциди через кореневу систему в незміненому стані без шкоди для них. Стійкість злакових рослин до дії 2,4-Д пояснюється детоксикацією гербіциду шляхом зв'язування його білковими комплексами клітинних структур, білками мембран цитоплазми, а також утворенням комплексів зі сполуками небілкового походження. Чутливість бур'янів до дії гербіцидів пояснюється значними незворотними порушеннями процесів обміну речовин, що призводить до загибелі цих рослин. Вибірковість похідних симетричного триазину пояснюється особливостями переміщення гербіцидів і нагромадженням їх у місцях фітотоксичної дії. Виявлено, що у стійких рослин (кукурудзи) гербіцид накопичується в коренях, у той час як у чутливих видів він швидко нагромаджується в листовому апараті — в місцях фотосинтетичної активності, через що і виявляє свою фітотоксичну дію. Крім того, внаслідок руйнування гербіциду окисно-відновними ферментами (пероксидазою) в рослині кукурудзи сим-триазинові гербіциди руйнуються до нетоксичних сполук.

З розвитком досягнень біотехнологій та генної інженерії розкриваються можливості в керуванні стійкістю рослин до дії гербіцидів. Визначення генетичного коду стійкості рослин до гербіцидів дає можливість переносити гени стійкості в культури та вирішувати проблему регулювання рівня забур'яненості посівів цукрових буряків, кукурудзи, сої, ріпаку та інших культур за допомогою гербіцидів суцільної дії, до яких стійкості в культури не було (гліфосату, глуфосинату амонію тощо).